Шенгенская конвенция и конвенция 1959 г. действуют параллельно (как и ряд других дошенгенских договоров - скажем, между северными странами). На практике единственная разница, вроде, в том, что в страны-участники конвенции можно ездить по UK-скому беженскому документу (но прибалты действительно не пустят)